ก่อนสิ้นสุดโครงการ ทุกฝ่ายที่เกี่ยวข้องเห็นร่วมกันว่าควรนำบทเรียนและประสบการณ์การพัฒนาชนบทช่วงดังกล่าวมาใช้ให้เป็นประโยชน์ในพื้นที่กว้างไกลออกไป จึงได้จดทะเบียนเป็นมูลนิธิขึ้นในจังหวัดสุรินทร์ เมื่อวันที่ 19 พฤศจิกายน 2529 และปัจจุบันได้จดทะเบียนเป็นองค์การสาธารณกุศล ลำดับที่ 657 ตามประกาศกระทรวงการคลัง ภายหลังจากการดำเนินงานโครงการพัฒนาหมู่บ้านชายแดนไทย-กัมพูชา ประสบการณ์ในการดำเนินงานได้นำมาสู่การดำเนินโครงการพัฒนาชนบทอย่างต่อเนื่อง ระหว่าง
ปี 2531-2536 ทางมูลนิธิฯ ได้รับการสนับสนุนต่อเนื่องจาก CIDA ประเทศแคนาดาในการดำเนินโครงการพัฒนาชนบทเพื่อการพึ่งตนเองของชุมชน (Participatory Community Development) โดยมีพื้นที่ปฏิบัติงานในจังหวัดสุรินทร์ประมาณ 80 หมู่บ้าน จาก 8 อำเภอ คือ อ.กาบเชิง อ.บัวเชต อ.สังขะ อ.เมือง อ.สนม อ.ลำดวน อ.ศีขรภูมิและอ.จอมพระ นับเป็นการขยายการดำเนินงานด้านการ
พัฒนาชนบทและการทำงานกับผู้ยากไร้ให้กว้างขวางขึ้น จากสภาพปัญหาและสถานการณ์ของชุมชนที่เปลี่ยนไป ตั้งแต่ปี 2537 เป็นต้นมา มูลนิธิฯ ได้ปรับนโยบาย วัตถุประสงค์ และแนวทางการดำเนินงานพัฒนาที่หลากหลายขึ้นทั้งชุมชนชนบทและเมือง โดยได้รับการสนับสนุนทางด้านงบประมาณจากทั้งภาครัฐ องค์การต่างประเทศ การจัดระดมทุนภายในประเทศ และการจัดกิจกรรมหารายได้ของมูลนิธิฯ
เอง 32 ปี กับการทำงานเคียงข้างผู้ด้อยโอกาส เพื่อพัฒนาคุณภาพชีวิตของประชาชนทุกระดับ ส่งผลให้มูลนิธิได้รับรางวัลอาเซียนด้านการ “พัฒนาชนบทและขจัดความยากจน” หรือ ASEAN AWARD ปี 2556 ซึ่งเป็นรางวัลครั้งแรกที่มอบให้กับองค์กรพัฒนาเอกชนหรือองค์กรภาคประชาสังคมในเวทีประชุมคณะรัฐมนตรีด้านการพัฒนาชนครั้งที่ 8 ณ เมืองยอร์คยากาต้า ประเทศอินโดนีเซีย
วัตถุประสงค์ของมูลนิธิพัฒนาอีสาน
1. จัดสถานศึกษาเพื่อพัฒนาคุณภาพชีวิตของประชาชน
2. ดำเนินการเกี่ยวกับการพัฒนาชุมชนโดยกระบวนการศึกษา
3. สนับสนุนส่งเสริมการปฏิบัติงานขององค์กรที่เกี่ยวข้องกับการพัฒนาชุมชน
4. ดำเนินการเพื่อสาธารณประโยชน์หรือร่วมมือกับองค์กรการสาธารณกุศลอื่นๆ เพื่อสาธารณประโยชน์
5. ประสานงานและร่วมมือกับองค์กรทั้งภาครัฐและภาคเอกชนทั้งในประเทศและต่างประเทศ ที่มีวัตถุประสงค์คล้ายคลึงกัน
6. เป็นองค์กรสนับสนุนองค์กรชุมชนและเครือข่ายงานพัฒนาชุมชน
7. ดำเนินการเกี่ยวกับการจัดการทรัพยากรธรรมชาติสิ่งแวดล้อมและพลังงาน
ปัจจุบันภายในมูลนิธิ มีห้องพักรับรองสำหรับนักท่องเที่ยวและหน่วยงานภาครัฐ ภาคเอกชน ที่สนใจเข้ามาชมงานหรือสัมมนาภายในมูลนิธิพัฒนาอีสานแห่งนี้ บรรยากาศภายในมูลนิธิพัฒนาอีสาน เต็มไปต้นไม้และกิจกรรมมากมายเกี่ยวกับการเกษตร ททท.สำนักงานสุรินทร์ จึงขอเชิญชวนนักม่องเที่ยวให้มาสัมผัสวิถีเกษตรวิถีพอเพียงกัน สำหรับมูลนิธิพัฒนาอีสาน ยังอยู่ใกล้กันกับ "ซแรย์อทิตยา" ศูนย์เรียนรู้การเกษตรในพระดำริ อีกด้วย